棉花前期病虫害全国发生面积1亿亩，其中虫害7800万亩，病害2200万亩，总体偏轻发生，轻于上年。其中，二代棉铃虫、苗期蚜虫、棉叶螨、棉盲蝽在黄河流域、长江流域和新疆棉区发生较为普遍，发生面积分别为2100万亩、2300万亩、1270万亩和1440万亩；棉蓟马在新疆棉区发生400万亩；烟粉虱在山东、河北和安徽等局部棉区发生，发生面积为220万亩。苗期病害和枯萎病在全国各大棉区均有发生，发生面积分别为1220万亩和580万亩。
二代棉铃虫在黄河流域、长江流域和新疆南疆和东疆棉区受转Bt棉的控制作用，幼虫量维持在低水平。百株幼虫量，长江流域棉区多不足1头，黄河流域和新疆棉区一般在5头以下；山东郓城、河北临西最高百株虫量分别为13头、25头，棉花多受害较轻。二代棉盲蝽在各棉区发生普遍，平均百株虫量，大部地区为1-5头，山东章丘、山西盐湖、河北辛集、新疆库车和麦盖提在10头以上，山西芮城达42头；被害株率，大部地区在5%以下，江西都昌、湖北枣阳、安徽东至、山东郓城和肥城、山西芮城和河北饶阳等地为10%-20%，湖北宜城、山西盐湖达30%和40%。苗期蚜虫平均百株蚜量，山东、陕西、山西为3000-5000头，新疆、河北为1000头，其他各省在500头以下，山西合阳、山西芮城和新疆阿克苏最高百株蚜量分别为10万、1.6万和2万头。叶螨在河南和山西局部发生为害突出，平均百株螨量，河南为1350头，其中杞县和偃师分别为6200头和2500头，山西洪洞为2650头，江西彭泽和新疆昌吉为1000头左右，其他棉区多在500头以下。
苗期病害在江西、湖南和山东等省发生较重，江西省病株率一般为5%-21%，高的达30%-60%；死苗率一般为2%-16%，高的达30%；湖南平均病株率为6%，死苗率为2%，衡阳最高病株率达55%；山东一般病株率为3%，高的达30%，聊城最高死苗率为11%；其他省份发生较轻。枯萎病轻于常年，病株率多为2%左右，但河北和新疆局部发生较重，如河北故城一般病株率为10%，严重地块达36%；新疆阿克苏为17%。黄萎病在河北、天津发生，一般田块病株率为2%，高的为10%，河北邱县和辛集严重的达35%；其他各棉区多零星发生。