金秋砂糖桔的果皮很薄，在采摘和运输过程中稍不注意就会磕坏果实造成损失，种植过程中也易被鸟类啄食；它们对于真菌病害的抗性比较弱，而且要求种植的砧木和土壤必须配套；由于果实售价高使得苗木售价也高于其他柑橘苗；果实的甜度太高且化渣太好，消费者有顾虑；产量高，种植的人增多，影响市场售价。
金秋砂糖桔成熟时间较早，果实内没有核，产量较高且品质佳，收到众多消费者的喜爱。
1、皮太薄
果皮薄会更受消费者喜爱，因为在食用时剥皮容易，但是这对于种植者来说是有一定风险的，它们的皮薄，在采摘和运输的时候一定要注意做好保护措施，以免损伤到果实，无法上市售卖，必要的时候可以对果皮进行加厚种植；山区的鸟很多，金秋砂糖桔的皮很薄，鸟很容易就能把果皮啄破，造成损失。
2、真菌病害抗性较弱，砧木和土壤必须配套
金秋砂糖桔的抗病性比较弱，特别容易感染炭疽病、褐斑病、沙皮病，在种植过程中，每年要多次的使用代森锰锌与苯醚甲环唑等杀菌剂对果树进行杀菌，预防感染病害。
如果砧木与土壤不配套，果树容易患缺素症，种植管理的难度会提升，若想要保证砂糖桔的品质，必须要有专业的技术人员进行指导改善。
3、售价高
由于金秋砂糖桔产量高，市场需求量大，因此金秋砂糖桔的苗木比其他的柑橘苗价格要高。金秋砂糖桔的果实售价也较高，果园批发回收价格在8-12元/斤，商超的售价为19.8元/斤，网络售价为27元/斤。
4、甜度高、化渣
金秋砂糖桔果实的平均甜度为12-17，有一些消费者觉得太甜，担心吃多之后会引起糖尿病；金秋砂糖桔的化渣性比砂糖桔还要好，有些消费喜欢果肉脆一点有咀嚼感的果肉。
5、市场饱和
金秋砂糖桔种植3年后就可以投产，即使挂果数量较少也能回本，如果种植管理较好，在第4年产量就可以达到100斤/株，由于金秋砂糖桔的产量高，导致种植人数急剧增加，会使得市场饱和，价格肯定也会受到影响。