穗颈瘟防治不到位对水稻产量影响大，应重点用药预防，发病后用药治疗保产效果有限。预防穗颈瘟的适用药有三环唑、稻瘟酰胺、吡唑醚菌酯、春雷霉素、稻瘟灵等。在这些药中，吡唑醚菌酯的治疗效果相对较好，如因错过防治适期、用药不当等致穗颈瘟已经发生，可以在穗颈瘟发生初期及时用吡唑醚菌酯防治一次。部分地区的稻瘟病菌对稻瘟灵、异稻瘟净、咪鲜胺等药产生了较高抗性，在这些地区不宜单用这些药防治穗颈瘟。
水稻破口期是用药防治穗颈瘟的最关键时期，田间有稻株破口即可用药，用药时间推迟，穗颈瘟防效会下降。水稻抽穗期如有连续阴雨天气，要抢在雨前施药，或抓住雨停间隙施药防治，以免错过防治适期影响防效。结合防治稻曲病，将首次用药时间提早到水稻破口前5～7天也是可以的，但要选用三环唑、稻瘟酰胺、吡唑醚菌酯等内吸性强、持效期长、对穗颈瘟防效好的药，并用足药量，每亩用三环唑纯药20～30克，或稻瘟酰胺纯药20克左右，或每亩用吡唑醚菌酯纯药6克左右。视天气等情况，在齐穗期再用一次药巩固防治效果。如果水稻抽穗期有特别适宜穗颈瘟发生的高湿多雨天气，则在破口期增加一次用药。