清除废料将棚内食用菌生产废料全部清除出棚，地面打扫干净。没有清理出棚的食用菌废料，不仅容易滋生杂菌，导致棚内病原菌孢子量增大，不利于消毒，而且菇蝇等食用菌害虫也大量繁殖，为以后食用菌生产埋下隐患。
药剂消毒菇农可选择硫磺、甲醛-高锰酸钾、二氯异氰尿酸钠等熏蒸杀菌。硫磺燃烧后产生的二氧化硫能够起到杀菌、杀虫的双重效果，但使用时产生的二氧化硫容易与空气中的水蒸气接触，形成亚硫酸，腐蚀菇棚内的钢丝等。
通风排气当菇棚杀菌消毒完成后，菇农要注意及时通风换气，将棚室内的有毒气体排出棚外，便于以后食用菌的种植。