棉花从出苗到现蕾称为苗期，春棉历时约45天左右。夏棉历时约35天左右。此期田间管理的中心任务是：保全苗，争早苗，促早发。
一、打孔放苗：地膜覆盖棉田,棉苗出土达70%左右，子叶平展、叶色变绿，要及时打孔放苗，放苗后用土将膜孔盖住以防散墒。
二、查苗补苗：出苗后逐行查苗补缺。缺苗地段及时补种或移栽，缺苗少的可以两边双株留苗。
三、适时间苗、定苗：地膜棉从放苗堵孔时开始间苗，露地棉当幼苗长出3片真叶时，进行定苗。间小留大，去弱留壮，形成长势一致、密度合理的棉田
四、合理施肥浇水：春棉（包括地膜棉）苗期不是特别干旱，一般不提倡浇水；套种棉田因共生期间小麦耗水量大，收麦后要及时浇水，防止因高温干旱大量死苗。在施足底肥的情况下，苗期一般不需再施苗肥；未施底肥的麦套棉田，收麦后结合中耕灭茬、浇水及时施肥，一般可每亩深施有机肥1000-1500公斤，饼肥30公斤，磷肥50公斤，钾肥15公斤，或棉花专用配方肥25-30公斤∕亩。
五、防治病虫害：棉花苗期病害主要有立枯病、炭疽病、猝倒病等。发病初期用50％多菌灵或70%甲基托布津８00－1000倍液进行防治；害虫主要有棉蚜、红蜘蛛和地老虎等。棉蚜、红蜘蛛可用50％抗蚜威可湿性粉剂1000倍液或10%吡虫啉3000倍液进行防治。防治地老虎可采用以下方法，<1>诱杀成虫：用黑光灯、杨树枝把和糖醋液(糖醋液的配制方法是用6份糖＋3份醋＋10份水混合就行)等方法诱杀。<2>诱杀幼虫：幼虫危害期用50%的辛硫磷50克对水1公斤喷拌在5公斤炒香的麦麸或碎棉籽饼上,制成毒饵,傍晚顺垄撒施。<3>喷雾防治。在棉花苗期用20％速灭杀丁1500～2000倍液或50％辛硫磷1500倍液喷雾防治。