棉花苗期病害（立枯病、炭疽病、红腐病、猝倒病等）种类较多，且发生普遍，危害严重，一般年份病株率10－20%，如遇阴雨低温，病株率可达50％以上。该类病在棉苗出土前造成烂种、烂芽，出土后造成棉苗根部发黑，生长迟缓，严重影响棉苗生长。因此必须采取综合措施，预防棉苗病的发生危害。
防治方法：
1、彻底阻止棉花苗病的侵染棉花苗病侵染的主要传播途径：一是棉种带菌，二是土壤带菌，三是育苗工具带菌。因此，除种植药剂包衣的棉种外，还要对钵土、盖钵土以及拱架、旧农膜等进行消毒，一般用多菌灵喷洒消毒，其浓度为1︰200倍，亦可用甲基托布津等进行消毒，均能收到良好的预防效果。
2、喷药预防棉苗两片子叶平展之后，由于幼茎尚未木质化，最易遭受病害，为了预防病菌侵染，要及时喷洒波尔多液保护棉苗，其配制是：1公斤硫酸铜，0.5公斤生石灰，各兑清水50公斤化解，然后混合搅拌而成，亦可喷施0.1－0.2％的三唑酮（粉锈宁）溶液，效果也很显著。
3、做好苗床管理在高温多雨的环境条件下，即使生长整齐的棉苗，也极易发生线苗，致使素质下降，抗性减弱。如调控不及时棉苗就会感病。因此，要提倡短床育苗，苗床长度以10米为宜，以确保棉苗稳健生长。