根病主要有立枯病、炭疽病、红腐病等。
苗期根病大都发生在２片真叶展开前，此期根茎幼嫩，抗病能力弱；特别是受地下害虫危害后形成伤口，极易遭受病菌侵染而腐烂，通常称作烂根。其主要特征是：
1.立枯病嫩茎基部靠近地面处出现黄褐色病斑，病斑在基部围绕嫩茎发展，颜色逐渐发深，产生凹陷内缩，然后变成黑褐色病斑而腐烂，致使幼苗直立枯死而不倒。
2.炭疽病病苗在茎基部出现紫褐色条纹，逐渐成梭形病斑，组织硬化、凹陷，严重时失水纵裂，真叶被害时产生黑色小斑点，后扩大成暗褐色圆形或不规则形病斑。造成幼苗枯死。
3.红腐病又叫烂根病，出土前就开始发病，造成烂种。有的棉籽虽已发芽，但幼芽变为黄褐色，腐烂死亡。子叶期发病，地下嫩茎和根变肥、肿大，有分段的黄褐色病斑，逐渐变黑褐色、干腐而死。还可浸染子叶和真叶，产生不规则病斑，逐渐扩大后破裂。