芹菜黑腐病为真菌性病害，主要危害根茎部和叶柄基部，多在近地面处发病，有时也侵染根。主要以菌丝附在病残体或种子上越冬。翌年播种带病的种子，长出幼苗即猝倒枯死，病部产生分生孢子借风雨或灌溉水传播，孢子萌发后产生芽管从寄主表皮侵入进行再侵染，生产上移栽病苗易引起该病流行。
防治方法。培育壮苗。苗期适温为15—18℃，适当控水，定植前7—10天要炼苗；幼苗定植后要喷施新高脂膜可提高成活率，恢复植株旺盛。少浇水，多松土，蹲苗促根，为丰产打下基础。
施肥浇水。施足农家有机肥、生物肥、底肥施石灰；科学灌溉，小水勤浇，防止大水漫灌，降低田间湿度。越夏用遮阳网降温，减少阳光直射。及时清除田间病株，携出田外深埋或烧毁。
药剂防治。发病初期可选用针对性药剂+新高脂膜，提高防治效果。每7至10天喷一次，连喷2至3次。