黄瓜的根系分为主根、侧根和不定根。黄瓜根系主要特点是：
（1）根系浅，根量少，这说明黄瓜根系占有肥水空间小，吸肥、吸水能力差。
（2）根木栓化早，损伤之后很难恢复。黄瓜根很容易木栓老化，育苗时要做到及早移苗。
（3）黄瓜根系对氧气要求严格，因此必须保持土壤疏松，生产中多施有机肥，以保证黄瓜根系从土壤中得到充足氧气。
（4）黄瓜根系对肥水需求特点是：喜肥而吸收能力差；喜湿又怕涝，耐旱能力差。黄瓜用肥量要比其它蔬菜格外大些。
（5）黄瓜根系不耐低温，又怕高温；其生长适温是20-30℃，长期低于12℃不能正常生长，高于30℃，呼吸过旺，容易引起根系枯萎。