木瓜为草本作物，生长量大，结果的数量较多，一生中需要的养分相对较多。要令番木优质、高产，在定植前施足基肥相当重要。
基肥，一般每株宜施入腐熟鸡粪肥约8公斤，过磷酸钙约0.5公斤；在定期后15天，开始施第一次肥（参考施肥量为10%粪水肥或浓度为0.2%尿素液），以后每隔约15天施一次肥。
施肥前期以氮肥为主，磷钾肥配合，氮磷钾比例为1：0.5:0.5。
当植株叶片数达25片后现花蕾后开始增施磷钾肥，（参考施肥量为15：15：15复合肥120克）及叶面喷雾0.5%硼砂液及0.5%邦德首磷酸二氢钾液，每约10天进行1次。
在盛花坐果期，要重点施肥，以满足基部果实发育和顶部开花坐果对养分的需要。例如在每年6月份开始至10月中旬，每月施重肥1次，一般每株施0.5公斤的复合肥加入稀粪水淋施。