生菜小核盘菌软腐病主要分根腐和茎基腐两种类型。根腐型根部被小核盘菌侵染后，在茎基部产生繁茂的白色菌丝，逐渐形成很多白色小颗粒，其上溢有水滴，后小颗粒变为黑色菌核，有时很多菌核连结成块状，根部腐烂；茎基腐型主要侵染茎基，初茎基部发生病变，幼嫩生菜染病，植株下部菌丝向上扩，速度快，病株迅速软腐倒伏。
防治方法：
(1)实行水旱轮作或与其他蔬菜轮作。
(2)国外报道的用细顶棍孢霉能有效地抑制菌核病，可进一步示范推广。
(3)选用抗病品种。如红叶莴笋、挂丝红、红皮圆叶等带红色较抗菌核病的品种及结球生菜：万利包心生菜、爽脆包心生菜，对小核盘菌也较抗病。
(4)培育适龄壮苗，苗龄6-8片真叶为宜。
(5)提倡施用日本酵素菌沤制的堆肥或每亩施磷肥7.5-10公斤，钾肥10-15公斤，植株开盘后开始追肥，也可喷洒0.2%-0.5%的复合肥或喷施植宝素6000倍液增加抗病力。
(6)带土定植，提高盖膜质量，使膜紧贴地面，避免杂草滋生。
(7)适期使用黑色地膜覆盖，将出土的子囊盘阻断在膜下，使其得不到充足的散射光，大部分不能完成其发育过程，大幅度减少初侵染机率。及时摘除病叶或拔除病株深埋，并与化学防治相结合，但在高温期要注意防止地膜吸热灼苗，必要时可在膜上撒一层细土，或浇水降温，或推迟定植期避免高温为害。
(8)发病初期开始喷洒50%甲基硫菌灵•硫磺悬浮剂700倍液或50%扑海因可湿性粉剂1000倍液，50%速克灵或农利灵可湿性粉剂1500倍液、40%菌核净可湿性粉剂500倍液、20%甲基立枯磷乳油1000倍液。隔7-10天1次，连续防治3-4次。
(9)棚室栽培的可采用烟雾法或粉尘法，采收前3天停止用药。