1、棉花枯黄萎病。这种病菌在土壤中存活时间可达8-10年，所以连作地块发病重，一旦发现必须除治，防止蔓延。一般用络氨铜或乙蒜素类药物，大剂量进行叶面喷施和土壤处理。每隔7-10天喷1次，连续3次，雨水多的年份要多喷，降雨后必须喷施。
2、棉花后期红叶茎枯病。该病是由于缺钾造成的，所以叶面喷施磷酸二氢钾即可，每7天1次，连喷2-3次。
3、棉铃虫。现在的棉种一般都是抗虫棉，抗虫棉所携带的抗虫基因为BT基因，由它所产生的抗虫内源毒素只存在于棉花的绿色部分，棉花花中没有。在3-4代棉铃虫发生期间，正是开花结铃盛期，很容易将卵产在花上而形成残虫，所以当百株3龄以上残虫达到10头以上时，必须用药除治，所用药剂除生物制剂外，均可应用。
4、棉蚜。棉花蚜虫过去以苗期蚜虫为主，现在使用包衣剂后，一般可控制45天左右，以后当棉花卷叶株率达5%-10%时，用高效氯氰菊酯或吡虫啉防治即可。近几年，棉花上一个新的害虫为棉花绿盲蝽，由于它会飞善跳，不易防治，所以在用药上应选择内吸性和熏蒸性的药剂，可用可湿性马拉硫磷和辛硫磷粉剂混合喷施，效果较好。