1、根据土壤性质选用不同质地的有机肥。马粪、羊粪等比较粗松，有机质含量多，易发酵分解，施于低温或黏性土壤中效果较好。牛粪、猪粪等有机质含量少，组织细密，水分多，发酵分解慢，效力迟缓，施于沙质或沙壤质土壤中效果较好。不同质地的有机肥与土壤科学合理搭配，既可发挥肥效，又能改善土壤质地。
2、有机肥施用前应经过充分发酵腐熟。未经发酵腐熟处理的有机肥，含有杂草种子和多种病虫害，容易导致山药块茎遭受病虫侵害。同时，未经发酵腐熟的有机肥施到田间后再进行发酵，发酵时产生热并大量消耗土壤中的氧气，影响山药根系正常生长，特别是块茎尖端组织柔嫩，碰到粪块则会烧坏，影响茎端分生组织的垂直伸展。
3、避免施用颗粒状有机肥。种植山药铺施的有机肥应为均匀一致的粉状产品，含有粪块的有机肥施入土壤后，山药块茎尖端生长碰到粪块，则引起分杈甚至脱水坏死。