1、种子消毒。种子用55摄氏度温水浸种15分钟，也可用50%菌灵或25%苯来特可湿性粉剂500倍液，浸种1小时。
2、选用抗病品种；轮作换茬。实行与非瓜类作物实行5年以上轮作。
3、培育壮苗。在每立方米营养土中加施50%多菌灵可湿性粉剂100克消毒杀菌，以培育无病壮苗。
4、高温闷棚。在夏季高温季节，土壤浇足水，然后覆盖地膜并密封大棚20天以上，20厘米地温达到45摄氏度以上，基本可以杀死枯萎病菌。
5、移栽嫁接苗。用黑籽南瓜做砧木嫁接黄瓜是目前防治黄瓜枯萎病最有效的方法。
6、药剂防治。在定植沟(穴)撒施25%苯来特可湿性粉剂，或50%多菌灵可湿性粉剂每公顷22.5公斤。发现有枯萎病发生，用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，或50%甲基托布津500倍液，或10%双效灵水剂400倍液，或70%敌克松可湿性粉剂600-700倍液，或2%农抗一二零水剂100-150倍液灌根，隔7天左右灌一次，连灌2-3次。