1、物理消毒
(1)温水浸种：将西瓜种子放入54-55℃的温水中浸20分钟，然后捞起洗净，再浸种催芽。
(2)高温烫种：将已精选、晒过的种子用毛巾包扎，每包种子约100克左右。先放一盆冷水，一盆沸水，随后将包扎好的种子放到开水中浸一下，立即取出放入冷水中浸一下，如此反复三次，即可达到消毒的目的。
2、药剂消毒
(1)多菌灵浸种：用50%可湿性多菌灵粉剂2克兑水1000毫升的比例配成药液，然后将种子放入其中浸泡1小时，取出冲洗干净，浸种催芽，可以预防炭疽病。
(2)代森铵浸种：用45%代森铵2克兑水1000毫升的比例配成药液，将西瓜种子放入其中浸泡0.5-1小时，取出用清水冲洗干净即可浸种催芽。
(3)抗菌剂401浸种：用10%抗菌剂401配成500倍药液，将种子浸泡其中30分钟，捞出待用，可杀死种子上带有的枯萎病菌、炭疽病菌等。