木瓜病害主要有叶枯病、锈病和根腐病。叶枯病发病初期叶片上出现褐色斑点，后逐渐扩大，变成黑褐色多角形病斑；锈病危害叶片、叶柄、嫩枝和幼果、叶片发病，先在正面出现，枯黄色小点，后扩大成圆形病斑，病部组织渐变厚，向叶背隆起，并长出灰褐毛状物，破裂后散发出铁锈色粉末。防治方法：冬季清洁园地，将枯枝病叶集中烧毁、深埋，减少越冬病源。
木瓜园应尽量远离桧柏树，这是锈病病原菌的转主寄主，发病初期可选用粉锈宁，可杀得、代森锌、多菌灵等药剂。虫害主要有天牛、食心虫、蚜虫等。天牛以幼虫蛀食茎枝树干，食心虫以幼虫蛀食果肉。蚜虫刺吸嫩叶。防治方法：用脱脂棉蘸敌敌畏塞入蛀孔，熏杀天牛幼虫，也可用天牛敌注药防治天牛幼虫。食心虫成虫产卵期可选用溴氰菊酯或杀灭菊酯等。蚜虫可选用抗蚜威、吡虫啉、氧化乐果等防治。