多种真菌性病害，如黑星病、砂皮病、黄斑病等以及绣壁虱、蓟马等害虫都有可能造成沙糖桔果实出现花皮现象。此外，不当的选择农药，使用不适当的稀释浓度农药也同样会造成果实出现花皮的现象。并且当果实表皮有受害的斑点或斑块后，即使对为害的病虫害得以控制，也较难消除受害果实或叶片的病斑，使果实恢复正常外观。
因此，对病虫害的防治要提早预防。对真菌性病害可用10％信服水剂（多抗霉素）1000倍液，或10％赛世水分散剂1500倍液（苯醚甲环唑），或70%福・甲硫可湿性粉剂800倍液防治。对绣壁虱、蓟马等害虫的防治，可用3%3维乳油（阿维菌素）5000倍液，或可25%蝉虱净悬浮剂500倍液（噻酮・异威），或73%炔螨特1500倍液，交替用药防治。