1、人工防治
结合农事操作除草，挖除水花生产在土壤中的根茎，然后集中晒干和烧毁，水花生发生较少时，手工拔除或人工打捞，水花生发生严重时，机械割除或机械打捞。
2、化学防治
使用整形素、水花生净、农达、使它隆、草甘膦等除草剂能有效防治水花生。根据水花生发生地、发生量来选择不同的除草剂。①每亩用600-1400毫升的使草合剂（20%使它隆和10%草甘膦按1：15混合），兑水30-50公斤喷雾。②每亩用1毫升10%整形素乳油加100-200毫升41%农达水剂，兑水30-35公斤喷雾。③在水花生生长最盛期，每亩用30毫升16%水花生净兑水30公斤喷雾，连用两次。④每亩用400毫升41%农达水剂兑水50公斤，在水花生现蕾期至初花期施用，可很好控制果园、夏玉米田中的水花生。