菌核病是保护地生菜的重要病害，老菜区发生普遍，在冬春季生菜损失最为严重的病害，全生育期均可发生，以包心后发病最重。一般发病率10%～30%，严重棚室发病率可达80%以上，直接引起植株腐烂或坏死，对产量影响极大。
一、病害症状。
1.本病主要为害茎基部、地上茎、叶柄等部侄，最初病部为黄褐色水浸状，逐渐扩展至整个茎部发病，使其腐烂或沿叶帮向上发展引起烂帮和烂叶，最后植株萎焉死亡。
2.保护地内湿度偏高时，病部产生浓密絮状菌丝团，后期转变成黑色鼠粪状菌核。
二、发病规律。
1.菌核形成和萌发适宜温度分别为20℃和10℃左右，并要求土壤湿润。空气湿度达85%以上，病害发生重，在65%以下则病害轻或不发病。
2.通风不良、排下水良、地势低洼、偏施氮肥及连作地发病重。
三、防治方法。
1.选用抗病品种如红叶葛莒、挂丝红、红皮圆叶等带红色的品种。
2.高畦覆膜栽培，使用黑色地膜覆盖；培育适龄壮苗，苗龄6～8片真叶为宜。
3.合理施肥，施足基肥，增施磷、钾肥；植株开盘后开始追肥，也可喷洒0.2%～0.5%的复合肥，提高抗病力。
4.铲除田间杂草，及时摘除病叶或拔除病株深埋，减少病菌侵染；重病地最好与水田或其他禾本科作物隔年轮作；收获后及时清除病残体并进行20厘米以上深翻。
5.土壤处理，春茬结束清园后，每667平方米撒施生石灰200～300㎏，闷棚7～15天，使棚温长时间达60℃以上，杀死有害病菌。
6.药剂防治：
①定植前苗床用25%粉锈宁可湿性粉剂4000倍液；或40%新星乳油8000倍液喷洒消毒。
②发病初期选用可湿性粉剂70%甲基硫菌灵700倍液、65%甲霉灵600倍液、或50%多霉灵600倍液、或50%扑海因1500倍液、或50%速克灵1500倍液、或40%菌核净1200倍液、或50%菜菌克(腐霉利·多菌灵)1000倍液、或50%腐霉利1500倍液、或25%菌威1500～2000倍液、或50%异菌脲1000倍液；还可用20%甲基立枯磷乳油1000倍液；25%使克百克乳油1000～1500倍液；或20%甲基立枯磷乳油1000倍液；或45%特克多悬乳剂800倍液，或35%菌杦光悬浮剂700倍液，或60%多菌灵盐酸盐可溶性粉剂600倍液，喷雾防治。
③重视交替用药，每隔7天1次，连续喷药3～4次。