微生物菌肥可充分满足柑橘对各种营养元素的需求，多施微生物菌肥是生产无公害食品柑橘的重要措施。
重施冬肥在采果前后，结合深耕改土，重施微生物菌肥，对恢复树势，促进花芽分化有显著的作用。
早施春肥在柑橘春芽萌动前（2月下旬至3月上旬）施用生物菌肥，可大大满足柑橘的生长对氮、磷肥的需要，有壮梢和提高花枝质量（增加花枝的叶片数和叶面积）的作用，可促进新梢正常萌发和供给果实发育所需的养分。
巧施果肥5月中、下旬施用生物菌肥，其包含氮磷钾等多种微量元素，可补偿开花所消耗的养分和使幼果得到足够的营养，减少落果，提高座果率。但必须注意：应根据树势生长和土壤、天气的情况，确定施肥的种类、浓度和方法。干旱季节，首先应进行浇水，保持土壤湿润，然后施肥，利于根系吸收，达到“水促肥”的效果。
根外施肥根外施肥是利用叶片的气孔和角质层直接渗入养分的一种追肥方法，具有见效快，吸收利用率高等优点。在花蕾期、开花期、幼果期，用溶于水的微生物菌剂进行根外施肥，可提高座果率和利于果实膨大发育。