侵染番茄并给生产造成严重损失的病毒种类有TMV、CMV两种，另外参与侵染或侵染面比较小的还有PVX、PVY等。
TMV是一种很顽固的病毒，既能耐高温又有一年以上的体外存活期，在病株残体、土壤、粪肥中都有存活，由于它是系统侵染的，所以在收获的种子中也能检出存活的病毒。造成当年第二茬或第二年继续侵染的来源，主要是土壤中和种子内外残存的病毒，这两条途径形成了苗期的初侵染，使田块中出现中心病株。真正使全田块百分之三四十甚至于六七十植株发病而导致严重减产和绝产的，是一次又一次的重复再侵染。这些重复再反染的途径主要是人和工具多次在田间进行操作，以及植株向叶片的互相摩擦。
CMV是一种寄主范围很广的病毒，在多种蔬菜和杂草上都有存活。虽然它的体外存活期很短，但广泛存在多种蔬菜和杂草上。在自然界有广泛的来源。这种病毒的传播主要靠蚜虫刺吸口针多次探吸和取食汁液而传播，当这种病毒与TMV在番茄植株上复合侵染时，病毒病的病情就特别严重。