棉花苗期病害种类多，为害重，其中发生最普遍，为害最严重的有产枯病、炭疽病等。发病率一般为20%～30%，严重时达50%～90%。尤其是早春低温阴雨，棉苗长势弱，出苗慢，极易遭受病菌的侵染，引起大量的烂籽、病苗和死苗，甚至缺苗断垄，乃至翻耕毁种，严重影响棉田高产。
防治棉花苗期病害，应采取如下综防措施。
选种晒种
棉苗病害，如炭疽病菌多以生孢子和菌丝体在种子内外越冬。播种前必须精选种子，汰除烂籽、病虫籽和杂籽，还须抢晴天将种籽曝晒1～2d，以杀死种籽上所带的部分病菌，提高种籽质量，促进种籽后熟，便于提高种籽发芽率，促进苗齐，苗壮而病轻。
精细整地,开好排水沟
整地前全面、彻底清理棉田周围的枯枝落叶和烂铃，是防治炭疽病、立枯病等病害的有效措施。翻地前施足基肥，地要整平整细，以利出苗。棉田要开好排水沟，特别是地势低洼棉田，要做到深沟高畦，尤其是南方棉区，春季雨水多，地下水位高，深沟高畦有利于排水，降低土壤湿度，收到防病保苗效果。
适时播种
迟播，不利于棉苗生长；早播，气温、土温偏低，出苗太慢，有利于病菌侵入为害。通常以5cm土温稳定在12℃以上为播种适期，即长江流域棉区最佳播种期为4月中旬，华北棉区最佳播种期为4月下旬。
轮作
棉立枯病主要以菌丝体或菌核在土壤中或病株残体上越冬。在土壤中的病菌靠腐生生活可达2～3a之久。炭疽病菌以分生孢子和菌丝体也可在病株残体上越冬。棉花播种后，均能侵入棉苗引起发病。若进行水旱轮作，便能大量减少和消灭土壤内的病原菌，对控制产枯病的炭疽病等为主的病害有良好作用。如与小麦、油菜、蚕豆等作物套种，应及时分别对小麦扎把、油菜打老叶、吞豆打顶，便于通风透光，降低田间湿度，可减少病害发生。
药剂拌（浸）种
5.1稻脚青拌种用25%稻脚青可温性粉剂0.5kg与10kg半干半湿细土加草木灰混合均匀，可拌棉籽100kg，以现拌现播为宜，不能拌后久放；也可用0.5%稻脚青水溶液拌种后贮藏15d再播，可防治立枯病、炭疽病和疫病。
5.2多菌灵拌种用50%多菌灵可湿性粉剂1kg，或25%多菌灵可湿性粉剂2kg，拌棉种100kg，可防治立枯病、炭疽病等苗期病害和棉花枯、黄萎病。
5.3多菌灵胶悬剂浸种用40%多菌灵胶悬剂0.7kg，对水100kg，可浸棉种50kg，浸泡14h后，捞出稍沥水即可播种，防治炭疽病、立枯病效果好，对棉花枯、黄萎病也有一定效果。
5.4五多合剂拌种五多合剂是非曲直由五氯硝苯与多菌灵的复配剂。拌种时用种子的0.5配备，拌后即或播种，可防治立枯病、炭疽病、红腐病和疫病。
5.5拌种双拌种用40%拌种双可湿性粉剂按种子量的0.1%～0.2%配备，拌后即可播种，可防治立枯病、炭疽病和疫病。
5.6种衣剂拌种种衣剂是由呋喃丹与多菌灵的复配剂。拌种时用种子量的0.5%种衣剂，拌种后即可播种，可防治立枯病、炭疽病和疫病，并能兼治苗蚜。
5.7802拌种棉花播种前，用802抗菌剂3000倍液，加棉籽重量的60%药液，边喷边搓种，直到药剂喷完为止，放置4～6h后播种。亦可用3000倍液淹没棉种6～10h后，滤去多余的药液即可播种。可防治立枯病、炭疽病和红腐病等。据试验，用802拌种后，棉花单株长一次侧根数和5叶期单株干物质重量比对照分别多5.85条和4.05%。
药剂保护
棉籽出苗后，若遇低温多雨，特别寒潮侵袭后，苗期苗病很可能发生流行，因此要及时用波乐多液（1：2：20）或50%多菌灵可湿性粉剂800倍液、或20%稻脚青可湿性粉剂1000倍液、或50%退菌特可湿性粉剂1000倍液，或其它有效农药进行防治和保护，每667m2每次用药液kg。