水稻恶苗病病菌主要以分生孢子在种子表面和以菌丝在种子内部越冬。带菌种子是每年初次侵染的主要菌源。防止水稻发生恶苗病，应选用无病种子，不要在病田及其附近的稻田留种，要选用健壮稻谷，剔除秕谷和受伤种子。上述水稻田已经发生了一定程度的恶苗病，最好不要自留种。如果要自留种，应在孕穗期前彻底拔除病株，在留种田周围200米以内不能有病株存在。
防治水稻恶苗病，关键要做好稻种消毒工作，田间发病后用药没有治疗效果。播前用药浸种是防治恶苗病的有效措施，适用药有氰烯菌酯、咯菌腈、乙蒜素、咪鲜胺等。用药量过低或用药浓度过低会导致防效下降，造成恶苗病发生。浸种时间过短，也会导致防效下降。部分地区水稻恶苗病病菌对咪鲜胺产生了抗性，在这些地区，宜换用氰烯菌酯、乙蒜素、咯菌腈等药浸种。水稻恶苗病病菌主要在催芽期侵染芽谷，此时稻种堆积、温湿度适宜，由部分稻种携带的分生孢子大量萌发，不仅侵染原来带菌的稻种，还侵染原来不带菌的稻种，使染病率大幅度提高。一般催芽的比不催芽的发病重，催芽时间越长发病越重。用药浸种后不经催芽或催至露白播种能有效控制恶苗病发生。
另外，用咯菌腈悬浮种衣剂、精甲咯菌腈悬浮种衣剂、戊唑醇悬浮种衣剂、咪霜霉灵悬浮种衣剂等药对稻种包衣，也可以有效防治水稻恶苗病，防治效果比采用浸种的方法更好些，包衣种子晾干后即可播种。