该病发病与天气有直接关系，阴雨连绵，低温寡照，是番茄疫霉根腐病爆发的主要原因。温度低、湿度大，阴天持续时间长，棚内通风不良都能导致该病迅速蔓延。番茄疫霉根腐病刚发病时只有上部叶片一侧出现萎焉，傍晚恢复，反复几天后全株死亡；地下根部初发病时主根根端、须根及次生根产生水渍状淡褐色腐烂，后茎基部可见褐色病斑，发病重的病部绕茎基部或根一周时，造成地上部植株萎蔫。纵剖根部和茎基部，可见有的病株维管束从地面数厘米至几十厘米的一段变为褐色，最后根茎腐烂。
该病菌属鞭毛菌亚门真菌，病菌在田间主要借雨水、灌溉水传播。病菌发育温度范围为5―30℃，适温为20―25℃。要彻底防止番茄疫霉根腐病的发生与危害，应采取综合防治办法。
一、种植前做好苗床土壤消毒。借7～8月高温天气，采取石灰氮(氰氨化钙)高温闷棚，将80公斤石灰氮与1000公斤秸秆一次施入地下，地面盖严地膜，膜下灌大水，然后盖上大棚膜，密封一个月。
二、做好排灌系统，提倡高畦栽培。连续几年发病的棚区，应与非茄果类、瓜类蔬菜进行3年轮作。
三、合理浇水，加强水肥管理。特别冬季地温低，应适时适量灌水，浇小水，切忌大水漫灌，阴天不浇水。基肥适当增加锌、硼肥料和微生物肥料的用量。
四、药剂防治。定植时用50%的多菌灵500倍加代森锌500倍液作定根水灌根。早期发病可选用58%甲霜灵？锰锌可湿性粉剂500倍液，或69%安克？锰锌可湿性粉剂600～800倍液，或72.2%普力克(霜霉威盐酸盐)水剂600倍液，72%克露可湿性粉剂400倍液，连续灌根2～3次，每棵灌药液200～250克，间隔期7～10天，可基本控制病情。