大棚栽培甜瓜主要病害有：甜瓜枯萎病、疫病、霜霉病及白粉病等，防治方法如下：
（1）甜瓜枯萎病
瓜类枯萎病是瓜类严重病害之一，常造成大片瓜田植株死亡。它是由土壤（营养液）侵染，从根·根茎部侵入维管束后而寄生的系统性病害。
症状：本病典型症状是萎蔫，瓜类生长的全生育期都能发病，但以抽蔓到结果期发病最重。播种后可以造成烂种，苗期造成子叶或全株萎蔫，茎基部变褐缢缩，呈猝倒状。发病最多在植株开花--座果期，发病初期，植株表现为叶片从基部向顶端逐渐萎蔫，中午尤其明显，早晚尚可恢复，数日原植株全部叶片萎蔫，不再恢复常态，茎蔓基部稍缢缩，表皮粗糙，常有纵裂，病部在潮湿时，根茎部呈水渍状腐烂，表面常产生白色或粉红色霉状物。
防治：应加强栽培管理为主，以轮作倒茬，选用抗病品种，合理灌水为中心，药剂防治为辅助的综合防治。
1·1播种前种子应进行清毒，可有40%甲醛配浅150倍液浸种30分种或以种子重量的0.2-0.3%的敌克松或多菌灵拌种。
1·2加强栽培管理，严禁浸灌和串灌，合理搭配肥料，可以增强植株抗病性。
1·3药剂防治：播种前重病可穴施药土，药土比例为1：100，在穴内下铺、上盖然后覆土。药剂可选用50%多菌灵或50%甲基托布津；发病初期，发现零星病株时，可选用苯来特、多菌灵或敌克松500-1000倍液在植株根围浇灌，每株用药200-250毫升，间隔期7-10天，共灌2-3次。
（2）甜瓜疫病
甜瓜疫病高温高湿易发病，特别是在雨后，发病快，来势猛，短短几天瓜秧全部死亡。
症状：发病初期茎基部呈暗绿色水渍状，病部渐渐溢缩软腐，呈暗褐色，患病部叶片萎蔫，不久全株枯死，病株维管束不变色。
防治：应以栽培防病为主，药剂防治为辅。加强田间管理，植株生长前期和发病初期要严格控制灌水，中午高温不要浇水，严禁串灌，防止田间有积水。
药剂防治：病害即将发生时使用药剂灌根或喷雾，可用75%百菌清可湿性粉剂600倍液每株灌药液0.25-0.5公斤，每隔7--10天一次，连续防治3-4次。
（3）甜瓜霜霉病
多雨委节及田间湿度大的地块易发病。
症状：发病初期叶片上先出现水渍状黄色小斑点。病班扩大后，呈不规则多角形，在潮湿条件下，叶背病斑长有灰黑色霉层，病情由植株基部向上蔓延。
防治：应选用抗病品种，加强药剂保护。种植抗病性较强的品种，严禁大小浸灌，保持株间通风良好。
药剂防治：霜霉病通过气流传播，发展迅速，故应在发病初期早喷药才能收到良好防效。常用药剂及浓度有：75%百菌清可湿性粉剂600倍液或25%甲霜灵可湿性粉剂800-1000倍液，应注意苗期易产生药害。隔7-10天喷一次。若霜霉病同百粉病同时混生时，可选用25%甲霜灵加15%粉锈宁1500倍液，混合配药应现用现配。
（4）甜瓜白粉病
症状：此病主要侵染叶片、叶柄、茎蔓也可受害，果实受害小。发病初期叶面产生白色粉状小霉点，不久扩大成一片白粉层。
防治：加强管理及药剂防治相结合
药剂防治：掌握发病初期及早喷药，控制病源蔓延。选用15%粉锈宁可湿性粉剂1000-1500倍液或20%粉锈宁乳油1500-2000倍液，相隔15-20天喷一次，防治效果显著。
物理防治：采用27%高脂膜乳剂80-100倍液，于发病初期喷洒，叶面上形成一层薄膜，可防止病菌侵入。