随着设施蔬菜产业的发展，番茄种植面积不断扩大，要想产出高效益，苗全苗壮是根本。育苗时需注意以下几点：
一、种子消毒
选用温汤浸种的方法为种子消毒，即把种子放在55℃的温水中，边搅拌边浸种15分钟，之后在30℃的温水中浸泡4～5小时后捞出，在30℃环境中催芽。对病毒病较重的棚室，可选用10%的磷酸三钠溶液浸种20分钟，然后用清水清洗干净催芽。
二、苗床土消毒
在播前床土浇透水后，用72.2%普力克水剂500～600倍液喷洒苗床，每平方米喷洒2～4公斤。或用多菌灵消毒，每1000公斤床土用50%多菌灵可湿性粉剂25～30克，处理时先把多菌灵配成水溶液，接着喷洒在床土上，拌匀后用塑料薄膜盖严，一般经2～3天即可杀死土壤中的多种病原菌。
三、补肥
营养土配制时施足肥料，整个苗期可不再施肥，如果发现幼苗叶片颜色变淡，出现缺肥症状时，可喷施少许500倍液的磷酸二氢钾。
四、调控温度
齐苗后，苗床的温度切忌偏高，适宜的温度能使幼苗生长健壮，增强抗寒力、抗病力。两叶一心期，若温度持续偏低，会使花芽分化受阻，导致早春落花落果严重，影响早期产量。晴天中午，苗床温度很容易偏高，此时切忌大通风，以防幼苗由于温差变幅过大，失水过多而发生萎蔫或死亡。
五、防苗床湿度过大
苗期(尤其是越冬阶段)一般不需浇水。必须浇水时，要选择晴天中午进行，浇水要用温水，不可浇水过量，以防造成苗床过湿，导致烂根、僵苗和发生病害。施药后，为防止苗床湿度过大，可撒草木灰或细干土吸湿。
六、保证光照时间
幼苗越冬阶段，常遇连阴天气，此时外界温度低，不少菜农不敢揭草苫，造成幼苗多日不见光，因营养不良而影响幼苗的发育。要增加光照，经常保持覆盖物的清洁，草苫尽量早揭晚盖。阴天也要正常揭盖草苫，以延长光照时间。
七、注意预防病虫害
苗期易发生立枯病、猝倒病等。发病初期，先拔除病苗，然后及时喷药保护，防止蔓延。
八、先炼苗后定植
在定植前5～7天，幼苗应有一个炼苗过程，以增强幼苗抵抗力，适应定植后的环境。切忌不炼苗直接定植，以防定植后的环境不适，造成定植后缓苗慢、死苗现象严重。