一是休眠期减少菌源。冬季结合修剪，彻底清除枯枝落叶及落果，减少越冬菌源；容易积水，树势偏旺的果园，要注意排水，修剪时疏除密生枝、下垂枝、拖地枝、改善通风透光条件，降低果园温湿度；增施有机肥料，避免偏施氮肥，促使树体生长健壮，提高抗病能力。
二是生长期施药防治。果树发芽前，喷施4-5度石硫合剂。5-6月间，喷施75%百菌清可湿性粉剂650倍液1-2次，或3%克菌康可湿性粉剂1000倍液，对穿孔病均有良好效果。对细菌性穿孔病，用农用链霉素50-100毫克/升来防治；对真菌性霉斑穿孔病，可用70%甲托可湿性粉1000倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂800倍液防治。