木瓜花性繁多，株性复杂，按植株上主要着性的花型，一般有下列三种。
一、木瓜雌株
雌株就是指只开雌花的木瓜植株。这种植株花性稳定，较少受外界环境变化的影响，结果能力强，但所结的果实果肉较薄，单果重较轻。在温度较低时，子房多不能发育。木瓜雌株的花朵需经授粉受精，子房才能发育良好。
在自然情况下，未经授粉受精，木瓜子房有时也可发育成种子败育的无核果实，这是天然单性结果这种果实细小，果肉薄，品质差，无商品价值。
二、木瓜雄株
木瓜雄株基本上只开雄花，雄花数目较多，着生于叶腋抽出、长10~90厘米的花序上。个别健壮木瓜植株有时也在花序末端有雌花，结1~2个小果，群众俗称木瓜公。
木瓜雄株的出现和存在减少了单位面积结果株数，直接影响了产量。而且由于雌花、两性花接受雄花花粉后产生果实，用这种果实中的种子繁殖的后代，雄株出现率大大提高，优良的种性也大受影响。因此，雄株没有生产、栽培价值，应及早发现、砍伐。
三、木瓜两性株
两性株是主要开两性花的木瓜植株，但受环境条件变化的影响，植株上的花型也有明显的变化。在广州地区，总的趋势是，随着温度逐渐升高，由雌型两性花转而出现长圆形两性花、再出现雄型两性花和短梗雄花。相反，温度从高逐渐降低时，花性的出现由雄型两性花及短梗雄花转为出现长圆形两性花，再出现雌型两性花。故若按一株上花型的比例，又可把两性株分为长圆形两性株、雌型两性株和雄型两性株。
在广州地区，7~8月温度高且偏于干旱，木瓜两性株都出现趋雄现象，即由正常的两性花逐步向短柄雄花过渡，呈现间断结果现象，但间断结果情况因品种不同而有差异；至9月前后又开两性花继续结果；10月以后至翌年3月又多出现雄花而没有结果。
木瓜两性株因受外界条件影响花性不稳定，故结果率和结果能力不如雌株。但两性株所结的果实果肉较厚，单果较重，品质较优，故也是重点培养的植株，特别是长圆形两性株与雌株是构成产量的两种主荽株型。