棉花蕾期和花铃期管理是以调节好水肥为中心，配合中耕、化调、整枝等措施，合理运用促进与控制技术，促控结合，实现壮棵稳长，打好丰产架子，增结蕾铃，减少脱落，实现三桃满挂。
一、肥水管理
蕾期要求棉株稳长，所以在施肥上要求稳施、巧施，控制氮肥的使用。中上等肥力的棉田不再施肥。若土壤肥力较差或基肥量不足，一般每667平方米施尿素5～7千克。棉花进入花铃期，茎、枝、叶的生长达到最大值，同时大量现蕾，开花结铃，对养分的吸收达到高峰，是施肥的关键时期。这个时期棉株吸收氮、磷、钾的数量都占全生育期的60%以上，在前期施足氮、钾肥的基础上，重施氮肥，一般667平方米追尿素15～20千克。追肥的时间应在初花期前，地力差、棉株长势偏弱的以及早熟棉可适当提前，在开花期前15天左右追肥。地力肥沃、棉株长势偏旺的可在棉株坐伏前桃时再追肥。
盖顶肥是防棉花后期早衰、实现秋桃盖顶的关键，有早衰迹象的棉田，早施重施，生长健壮的要轻施或迟施，抗虫棉的后期，由于单株结铃性强，根系功能降低，可加强叶面追肥。早衰型的要喷0.2%的尿素水溶液，贪青型的喷0.4%的磷酸二氢钾或3%的过磷酸钙浸出液；7～10天喷1次，连喷3～4次为宜。
棉花蕾期时正值北疆棉区降水较少，而田间耗水日益增多。为搭好丰产架子，应遇旱浇水。花铃期是棉株需水量最多的时期，如水分供应不上，棉株生育会受到严重影响，增加蕾铃脱落。同时，如缺水土壤中的肥料也难以发挥肥效。因此，要及时浇水，以水调肥，促进肥料的分解和根系对养分的吸收。如降雨过多，及时排水，防止渍涝，减少蕾铃脱落，降低枯、黄萎病发生的几率。
二、化控用量
化控时要掌握好“早、轻、勤”和“前轻、后重”原则，初蕾期每667平方米用缩节胺0.5～1.0克，盛蕾期用1～1.5克，化控还要根据长势、土质、天气灵活掌握。初花期每667平方米施用缩节胺药量1.5～3克，盛花期3.0克，打顶后7天左右用药量4～5克。
三、整枝打顶
蕾期一般不整枝，主要是控制旺长，达到发棵稳长。如点片出现旺长，要及早“脱裤腿”，去掉全部叶枝。花铃期要适时打顶，北疆棉区打顶时间为6月25日～7月5日，7月10日打完旁心。营养枝可在7月10日前长出2～3个果枝时打去尖心。打顶过早，造成赘芽丛生，果枝过长，影响通风透光，还限制果枝和果枝数，减少了有效蕾铃，不能充分利用有效生长季节，还易出现早衰；打顶过晚，起不到调节营养分配的作用。正确的打顶时间应根据棉花长势和霜期确定。
四、防治病虫害
蕾期是枯萎病开始发生并逐渐加重的时期，要做好预防、治疗工作。枯萎病有黄色网纹型、黄化型、青枯型、紫红型、萎缩型等5个不同的症状类型，轻病棉株用50%多菌灵500倍液，甲基托布津800倍液，重病棉株用棉病克星，并辅以高锰酸钾作灌根处理。
防治蚜虫用杀蚜净、吡虫啉、扑虱蚜等；防治棉叶螨用阿维菌素、扫螨净等；防治棉蓟马用天慧虫情、久效磷等；防治棉铃虫用BT、NPV生物农药。花铃期的主要病害为黄萎病，虫害为第二、三代棉铃虫、伏蚜、棉叶螨等。主要防治方法参照蕾期病虫害防治。