龙眼树的需肥期与其物候期、耕作方式、土壤营养周年变化等有关。如幼龄龙眼园，间作豆科作物，早春土壤氮素可能减少；夏季生长期间，由于根瘤菌固氮作用，可使土壤氮素提高。同时龙眼园土壤水分含量与肥效发挥也有关。
1、龙眼花前肥：此时施肥时期为2～3月份，约占全年施肥量的10%。龙眼的花芽属当年分化当年开花型。在福建省，早春2月份春芽萌动时，花序原基形成，开始花芽分化。此时龙眼生长发育不但需要氮肥，还需要磷肥、钾肥。因此，这次施肥应以氮为主，配合磷、钾肥，以促进花穗发育，提高出穗率，并增大花穗，但应防止施用过量氮肥，以免引起“冲梢”。
2、龙眼促花保果肥：此时施肥时期为4～5月份，约占全年施肥量的15%。此期施肥对夏梢的抽生、花穗增大、防止落果和提高坐果率有显著作用。促进夏梢抽生对克服大小年结果现象有重要意义。
3、龙眼促梢壮果肥：此时施肥时期为6月份至8月初。此次施肥非常重要，既可促进幼果迅速生长，又可促进夏梢的充实，为翌年的结果奠定基础。对提高单产和减轻大小年结果现象，有良好的作用。此阶段可施肥1～2次。
4、龙眼采果肥：此时施肥时期为8～10月份，约占全年施肥量的25%。龙眼采果前后为恢复树势，应施用采果肥，此期施肥可分采前肥和采后肥2种。龙眼采前肥在8月上旬进行，施用复合肥，以促进采后秋梢抽生和果实膨大；采后肥在9月上中旬进行，以氮肥为主，配合其他肥料，以恢复树体。秋旱时，施采果肥应注重果园浇水。
5、基肥：此时施肥时期为11月底至翌年1月份，约占全年施肥量的50%。冬季施用1次基肥，以缓效的农家有机肥为主，配合施用磷肥（过磷酸钙、钙镁磷肥、骨肥）等。也可以结合深翻改土和断根控冬梢施用基肥。
此外，还可结合果园具体情况进行根外追肥。