棉花种子脱绒方式分为机械脱绒和化学脱绒两大类。
机械脱绒方式：目前使用的“刷轮式棉种脱绒成机”，该机采用纯机械方式脱去短绒。其特点是：操作简单、维修方便，加工成本低，生产过程只需电力，不需要其它附属设施和辅料，但破损率偏高。
化学脱绒方式：目前普通应用的有泡沫酸脱绒和稀硫酸（过量）脱绒两种工艺。稀硫酸（过量）脱绒与泡沫酸脱绒的主要区别是：过量式酸脱绒用硫酸量超过实际用量的3～4倍和棉种搅拌，然后将多余的酸液甩掉回收过滤再用。而泡沫酸脱绒是将脱绒用量稀硫酸液加上一定量的发泡剂，使硫酸液体积增大30～50倍，以泡沫的形式覆盖棉籽表面，棉籽靠毛细管的作用吸收酸液附在短绒上，所以对有刀伤和裂纹的棉种发芽影响不大，因为不是浸泡。