1、水稻立枯病（黄枯病）：与播种量有密切关系，如果每平米超过300克，易得立枯病，早晨未出太阳时检查苗床，如发现秧苗有一块块虽然没有黄，但没有水珠时说明已得立枯病，及时打药就能挽救。如等到苗黄后打药就只能控制。是否是立枯病看以下几点：首先看稻苗主叶尖上有没有水珠或黄不黄，其次把病苗连根拔后根和茎的连接处掰开，看茎的中心，变黑就是立枯病。立枯病往往心叶死的比下部早。
2、青枯病：也是立枯病的一种。但主要是苗床管理不当引起的。苗期通风少，床温高，浇水多，引起秧苗徒长，结果地上部分长的过大，地下部的根系供水能力小于地上部茎叶的蒸发，严重时就得青枯病。防治：多通风，早通风，控制温度和湿度。千万不能大通风或中午时接膜浇水，应当早晨出太阳前或晚上太阳落下后小通风，以后慢慢再大通风，促进秧苗根系生长，让水稻适应环境。青枯立枯混发时，按青枯的方法管理，按立枯病方法打药。
3、烧苗：这里指的是施肥过多引起的。往往是整床或一块块出苗不齐，不出苗或出苗后立针期开始不长，根细小、黑，不扎根。只要不是受冻情况下，白天多浇水，大揭膜，再浇水再揭膜，使苗床的肥洗掉一部分，促进扎根，稻苗发新根后正常管理。
4、烤苗：是温度过高发生稻茎叶发黄的现象。烤苗一般发生在苗床里加盖平铺塑料膜的育苗方法。只要生长点不死，每平米用50克硫胺和生根剂后，尽可能保持温度和湿度，促进秧苗生长，2叶后正常管理。
5、冻苗：出苗前一般外温零下3度一般不至于发生冻害，但出苗后秧苗越大受冻程度会越大。受冻的苗刚开始稻叶水浸状的浓绿色，太阳嗮后就变白变黄，预计头一天温度0度以下时浇水，可减轻冻害发生。
6、顶盖苗：覆盖用的土粘性大或有机质含量高时发生。秧苗出现顶盖时，等到顶盖的土干后使用木条等把顶盖的土打碎，再浇透水让苗露出地面即可。
7、细菌性褐斑病：育苗过程中不注意通风，秧苗徒长的情况下通风，稻叶之间相互摩擦出现伤后有细菌侵入产生的病害。一般不用打药，注意通风管理。
8、多磷症：第一片叶变褐和第二片叶叶尖变褐的情况，适量减少磷肥的量即可。
9、药害：一般是封闭药的药害，苗叶深，心叶打絮、扭曲。一般在不影响生长的情况下加强通风，尽可能降低苗床的水分，减少秧苗对药的吸收，喷缓解药害的药即可。