长茄整枝方法很多，目前主要有双秆和梯形两种方式，寿光菜农经常采取的是双秆整枝。整枝分两个阶段：结果前和结果期的整枝管理。结果期整枝又分为主枝结果为主和侧枝结果为主两个不同时期的整枝。
1、结果前整枝管理结果前整枝的目的是选留两根结果枝。第一次整枝在主秆高40厘米左右时进行，要选出两个生长健壮、长势近似的枝条进行吊蔓，作为两个结果主枝。建议大家在操作时，一般是先摘除原来植株的生长点，选两个长势健壮的侧枝为结果枝。
2、结果期整枝管理两主枝结果：分换头即换头(生长点)和不换头两种方式。不换头，则植株高度一直达1.8-2.0米时才摘心。换头则是在植株坐果7个左右时，两结果主枝进行一次摘心，另选生长最为健壮的侧芽作为结果枝。进行换头主要是为了促进结果前期植株茎秆的粗壮，利于越冬生产。随着植株生长，在主枝结果的同时，还不断产生新的侧枝。门茄以下的这些侧枝全部摘除。门茄以上的侧枝一般留一片叶后摘心，可促进侧枝增粗及腋芽健壮，为以后结果作好营养准备，并随着植株的生长不断调整整枝。侧枝结果:春节以后，长茄进入侧枝结果为主的时期。一个侧枝留1-2个健壮的腋芽，其它腋芽摘除以减少养分消耗。腋芽萌发的健壮花蕾盛开后要及时点花，花上部留1-2个叶片再摘心。腋芽的果实摘除后，还需要剪除腋芽，以便萌发新的健壮腋芽开花结果。
3、注意事项整枝尽量选择在晴天进行，此时棚室通风良好，湿度小，有利于伤口尽快愈合。整枝时植株不可避免HUI造成一些伤口，若遇阴雨天气，容易被病原菌尤其是细菌侵染，应提前喷一次杀菌剂如百菌清、链霉素。