近年来农田大量使用化肥和农药，使土壤中有机质匮乏，微生物种类和数量大大减少，其中包括一些能够抑制土传病害的有益微生物，如放线菌、木霉菌、芽孢杆菌等。另外，土壤中缺少腐生菌，植株秸秆不能快速腐烂，病菌有了更多的存活机会，导致枯萎病、根腐病、立枯病等土传病害逐年加重。
实现土壤生态平衡，可抑制土传病害的发生。需要掌握好两方面：一是增加土壤中的有机质，可施用农家肥、工厂化生产的有机肥、秸秆还田和种植草木樨等绿肥作物；二是通过施用菌肥增加有益微生物的种类和数量。菌肥中含有大量微生物，可改善作物的营养条件并分解土壤中的有机质，使其转变成能被植物吸收的养分。注意只有当有机物与有益微生物同时存在时，才能起到增肥防病的效果。
目前市场上有多种按适当比例在大量有机物质中植入有益微生物的多效有机肥，其微生物包括能够分解有机质的酵母菌，能够分泌植物生长刺激素和抑制病菌的哈茨木霉、绿粘帚霉、放线菌以及—些芽孢杆菌和假单胞菌等，具有长效、速效、增产防病等特点。