从菠菜停止生长到翌年春返青前为越冬期。为预防冷、旱伤害，在封冻前可浇一次冻水；施肥不足的，可混浇尿水，喷施新高脂膜600－800倍液可保墒防水分蒸发、保温防冻、防土层板结，窒息和隔离病虫源，能防止病菌侵染，提高抗自然灾害能力；封冻后，可覆盖马粪或圈肥，保护幼苗越冬。在返青前，选晴暖天气，待霜冻融化后泼施鲜尿，每亩1000～2000公斤，下午3～4时结束。
翌年3月上旬，菠菜开始返青生长。因此时气温尚低，若墒情好，可暂不浇水，喷施新高脂膜保墒、保温防冻；若墒情不好，气温回升又快时，可浇一次水，水量宜小不宜大。菠菜开始旺盛生长后，肥水需求量激增。此期要保持土壤湿润，不可干旱，应抓紧追肥浇水，促营养生长，延迟抽薹期。一般每亩追尿素15～20公斤。施肥后浇水，肥水充足，菠菜生长快，10～15天即可收获。
病虫害防治。越冬菠菜病虫害主要有霜霉病、炭疽病、病毒病和蚜虫等。霜霉病和炭疽病可于发病初期用75％百菌清600倍液+新高脂膜600－800倍液喷治预防。