胡萝卜分叉是主根(肉质根)生长受到抑制而不定根生长的结果。正常情况下，不定根只有吸收水分和养分的作用，但如果胡萝卜的主根受到破坏或生长受阻，不定根就会累积养分而膨大。具体原因如下：
1、种子质量
陈种子生活力较弱，发芽不良，影响到幼根先端的生长，有的胚根受到破坏，易产生分叉;雨季收获的种子由于授粉不良，易形成无胚或胚发育不良的种子，播种这些种子，肉质根易产生分叉。
2、土质及耕作方面
土壤犁翻太浅，底层土壤过硬，同时在深耕过程中没有将石头、树根、瓦片、塑料硬物清除。
3、施肥
施肥过量或施肥不均匀，有可能导致胡萝卜根尖部位土壤EC值过高，主根的根尖受高浓度的土壤离子浓度影响而促使不定根生长引起胡萝卜分叉;有机肥未充分腐熟，未完全腐熟的有机肥中含尿酸的量较多，既会灼伤主根，又会使侧根因受到刺激而长出;另外，基肥施得不均匀，也同样会阻碍主根的伸长。
4、管理不当
浇水不合理，在胡萝卜主根膨大期如果遇干旱天气而不浇水，会使土壤过度坚硬而主根下扎不下去形成分叉，这点在浇水时浇不透水或地势较高处分叉现象表现尤其明显。
5、地下害虫为害
蝼蛄、蛴螬等地下害虫对胡萝卜的主根咬食，使主根受到破坏，促使不定根生长造成分叉。