种子准备包含选种和种子处理，它是提高棉种质量，反抗不良环境条件，防止烂种，削减苗期病虫害，提高田间出苗率，争夺全苗、齐苗、壮苗的重要措施。包含：
1、精选棉种：
精选棉种能够提高发芽势和发芽率。
不合格的棉种包含：红籽、杂粒、小而衰弱的种子、破瘪籽等。
选种“三留三去”。即：留饱粒、留好粒、留纯粒、去瘪粒、去破损粒、去杂物，以保证棉种的纯度在98%以上。
2、包衣程序中简单被疏忽的抗氧化处理
基因纯粹的种子，其表观遗传性状甲基化常遭到过氧化钳制，导致遗传特征对应的基因缄默沉静。表现在萌芽期最明显的特征就是根系成长受阻，地上部分营养成长长势较弱或中止成长。包衣过程中应留意选用农用抗氧化剂与种衣剂混合运用，进行处理。出厂包衣的种子，能够再进行独自的抗氧化处理。种子包衣应慎重运用激素类植物成长调节剂！
3、播前晒种
未晒种与晒种比较，一般出苗差、慢、成长不强健。
晒种能够促进棉种的后熟效果，消除种子外表的部分细菌，对苗期病害有必定的防治效果。晒种还可加快水合氧气的进入，促进发芽，可提高芽率10%-20%，提前出苗1-2天。
晒种的方法：
1）晒种多在播前半个月进行；
2）将种子摊放在木板或苇席上，不要直接摊放在砖地和水泥地上，防止形成硬籽；
3）铺厚6-7厘米，堆温以保持30℃左右为宜；
4）每天早上9时至下午6时在太阳下爆晒，总时刻不该少于30小时和多于50小时，晒时要勤翻动。