防治方法如下。
一、轮作。实行2年以上的轮作。
二、床土消毒。利用旧苗床育苗，必须进行土壤消毒。常用的方法有：福尔马林消毒：在播种前2-3周，将床土耙松，每平方米苗床用福尔马林500毫升，加水18-36千克（加水量按土壤干湿来决定），均匀浇在苗床上，然后用塑料薄膜覆盖在床土上。3-5天后，再除去覆盖物，耙松床土。经2周后，待药液充分挥发干净，再进行播种。多菌灵或托布津消毒：用50%多菌灵或50%托布津，每平方米用药8-10克，加干细土20-30千克拌匀，播种前用1/3的药土撒在畦面上作垫土，播种后2/3的药土作覆土盖在种子上，亦可对土壤消毒。
三、种子处理。在无病区或无病植株上留种。带菌种子播前用10%的盐水选种，漂出菌核，再用清水冲洗干净，晾干播种，可防治菌核病。或用48℃的温水浸种10-15分钟。或用50%的福美双可湿性粉剂，或65%的代森锌可湿性粉剂拌种，用药量为种子重的0.3%。用水冲洗干净后催芽播种，可防治立枯病、猝倒病。
四、苗床管理。播种不要太密，出苗后及时间苗。雨后苗床湿度过大时，应及时排水，并在苗床撒干燥的草木灰数次。发现病苗及时拔除，携至田外深埋或烧毁。
五、田间管理。松土除草时避免伤根，减少机械损伤。培土不宜过高，避免把叶柄埋入土中。雨后及时排水，发病时减少浇水次数。及时拔除病株，病穴中撒上石灰消毒。收获后及时深翻或灌水浸泡，可杀死土壤中的菌核，减少病源；夏季闭棚7-10天，利用高温可杀灭表层菌核。利用地膜覆盖，可阻挡病菌萌发，减少传播。
六、药剂防治。在发生软腐病时可用72%农用链霉素或新植霉素3000-4000倍液；14%络氨铜水剂350倍液；40%细菌灵8000倍液，用上述药剂之一，或交替应用，每7-10天一次，连喷2-3次。在发生黑腐病、菌核病、立枯病、猝倒病时可用50%速克灵600倍液；50％扑海因600倍液；50%多菌灵500倍液；50%农利灵1000倍液；65%甲霉灵1000-1500倍液，用上述药剂之一，每7-10天一次，连喷2次。