苗期是以生长根、茎、叶营养器官为主的时期，田间管理的中心任务是保全苗、促壮苗，具体管理措施如下：
1、查苗补苗。全苗是丰产的基础，是充分利用有效生育期，增加亩铃数的关键。对于缺苗棉田要带土移栽，确保全苗。对连续缺苗不超过3棵的，可保留双株，或利用叶枝（疯杈）弥补缺苗，不必再补苗。
2、及时疏苗，培育壮苗。对于播种量大、出苗好、棉苗稠密的棉田，当普遍长出1片真叶后，及时疏去小苗、弱苗，做到棉苗叶不搭叶，防止出现高脚苗；棉苗3-4片真叶时进行定苗。定苗时宜掌握去小留大、去弱留强、去病留健的原则，留足株数、合理密度，因品种、地力不同而灵活掌握，一般棉田每亩留苗密度3500—4000株。杂交棉田每亩留苗密度2000株左右。
3、中耕松土，增温促苗。中耕可散墒提温，抑制苗病发生，同时增加土壤空隙、提高地温、促苗早发，特别是雨后要及时中耕松土，破除板结，中耕深度以5—10cm为宜，土壤湿度小宜浅、土壤湿度大宜深，并随着棉苗生长逐渐加深，苗期一般中耕3—5次。
4、巧施苗肥、促苗整齐。凡因出苗不齐补种、移栽棉田，幼苗生长不一致，易造成大苗欺小苗，难以均衡增产。定苗后对弱小苗可浇灌2%的尿素水，促使小苗赶大苗。对于三类棉田或底肥不足的棉田，一般亩施5公斤尿素，促苗升级。
5、综合防治病虫害。对已出现病害的棉田，要加强中耕锄划提高地温减轻为害，同时晴天进行扒土晒根防苗病，药物防治可用0.5%氨基寡糖素水剂或50%多菌灵或50%甲基托布津500—800倍液，加碧护溶液混合喷雾，可提高防治效果。棉田虫害已有不同程度发生，主要是苗蚜，一旦达到指标，应及时防治。