玉米从苗期到成株期都可发生顶腐病，症状复杂多样。
典型发病严重病株表现症状：苗期病株生长缓慢、茎基部变灰、变褐、变黑，叶片边缘失绿，出现黄色条斑，叶片皱缩、扭曲、重病苗枯萎死亡。
植株生长中后期叶茎部腐烂后仅存主脉，中上部完整但多畸形，呈蒲扇状。以后生出的新叶顶端腐烂，叶片短小，叶尖枯死或残缺不全，叶片边缘常出现刀削状缺刻和黄色条纹。
成株期病株多矮小，顶部叶片短小，残缺不全，皱褶扭曲，有时上部叶片不展开，卷曲成牛尾状，雌穗小，多不结实，茎基部节间短，茎杆上有病烂斑块，腐烂部分有害虫蛀道状裂口，纵切面可见内部黑褐色腐烂。
病株根系不发达，主根短小，根毛细而多，呈绒毛状根冠变褐腐烂。高湿时，病部出现粉白色霉状物。发病轻的苗心叶有黄条，茎基内部变褐、变黑，生长缓慢。