棉花苗病是棉花苗期的重要病害，整个苗期均可发病，可导致烂芽、烂根、叶枯、茎腐等症状，严重时造成缺苗断垄，甚至毁种。苗期病害主要以立枯病、炭疽病和红腐病最厉害。
一、主要症状
1.立枯病。俗称烂根病、黑根病，棉苗受害后，在近地面的茎基部产生黄褐色病斑，后变成黑褐色，并逐渐凹陷腐烂，严重时病部变细，病苗萎倒或枯死。
2.炭疽病。幼茎基部发病后产生红褐色梭形条斑，后扩
大变褐，略凹陷，纵裂，严重时病部变黑，苗干枯死亡，天气潮湿时，病斑上有橘红色黏性物。
3.红腐病。幼苗根部发病后，根尖先由黄变褐色腐烂，逐渐蔓延到全根呈褐色腐烂，有时病部略肿大，后呈黑褐色干枯，潮湿时病斑表面产生粉红色或粉白色霉层；土面以下受害的嫩茎和幼根粗是该病的主要特征。
二、发病原因
该病的发生与气候、土壤等条件密切相关，低温、高湿有利于病害的发生，所以在棉花播种后，若遇低温多雨，或持续低温时间较长，土壤湿度大时，病害发生严重。若地温上升或土壤湿度降低，该病害则停止发展。此外，由于我省的棉花大部分都是连年种植，地里病菌数量积累过多，有益菌数量太少，导致苗病发生较重。播种过早、氮肥施用量大的棉田，苗病发生重。
三、防治方法
1.农业防治。雨过天晴后，要对棉苗采取扒土晾根的措施，降低棉苗根部湿度，提高地温，减轻病害发生；雨水太大的地区，建议天晴后采取揭膜降湿保苗等措施。同时在棉花苗期喷施新高脂膜800倍液形成保护膜，防止病菌侵入幼苗，提高植株抗病能力。
2.药剂防治。对初发病和发病严重的棉田要及时用药喷淋根茎部。幼苗出齐后，如遇低温阴冷天气，喷施多菌灵500～800倍液加新高脂膜800倍液或甲基托布津800～1000倍液加新高脂膜800倍液及时预防保护。