据了解，水稻恶苗病从苗期至抽穗期均可发生。苗期发病病苗比健苗细高，叶片、叶鞘细长，叶色淡黄，根系发育不良，部分病苗在移栽前后不久死亡。带菌种子是该病的主要侵染源，其次是病稻草。病菌以分生孢子附着在种子表面或以菌丝体潜伏在种子内越冬。在水稻浸种过程中，病种子上的病菌会污染无病种子。有研究表明，水稻恶苗病病菌的浸染能力并不强，生产上恶苗病病菌主要在催芽期间侵染芽谷，此时谷种堆积、温湿度适宜，由部分谷种携带的恶苗病孢子大量萌发，不仅侵染原来带菌的谷种，还浸染原来不带菌的谷种，使染病率大幅度提高。一般催芽的比不催芽的发病重，催芽时间越长发病越重。
播种带菌种子或用病稻草做覆盖物，当稻种萌发后病菌从芽鞘侵入幼苗引起发病，严重的引起苗枯。病死植株上产生的分生孢子可传播到健苗上，从茎部伤口侵入引起再侵染。虽然恶苗病病菌能引起再侵染，但病菌主要在前期即水稻芽鞘期侵入，以后在田间病菌侵染健康稻苗的可能性很小。
播前用药浸种是防治恶苗病的最有效措施。用咪鲜胺、二硫氰基甲烷等药及其复配剂浸种，对水稻恶苗病有良好防效。一般可以用25％咪鲜胺乳油2000-4000倍液浸种。
据了解，咪鲜胺用药量过低或用药浓度过低会导致防效下降，造成恶苗病发生。浸种时间过短，也会导致防效下降。一般正常温度条件下浸种48小时，温度偏低时浸种60小时才能保证防效。另外，水稻恶苗病病菌对咪鲜胺已产生了一定的抗药性，用咪鲜胺浸种时应适当增加用药量，以提高防效。
已发生恶苗病的水稻秧苗，使用杀菌剂没有治疗作用，应将病株及时拔除。水稻发病严重苗不够的，如果缺苗较少，可以借苗移栽；如果缺苗较多，可以选用适宜品种直播种植或在麦田套种。沭阳等地麦后直播水稻，宜选用生育期较短的武运粳21号等中熟中粳稻品种，并力争在6月15日前播种结束。