苦瓜出苗期比较长，如果用穴盘育苗，水分、温度等条件管理难度大，反而不好。
首先是穴盘育苗水分变化快。苦瓜发芽需要有较高的湿度，用穴盘基质育苗透气性虽好，但是保水性差，干得快，因此需要一天淋一次水，湿度变化较大，有时候人忙了甚至就忘记浇水，导致穴盘忽干忽湿，对发芽不利。而在土壤中育苗虽然出苗时间长，但是由于保水性好，湿度不至于发生太大变化，因此能够保证发芽不受影响。
其次就是穴盘中的温度变化剧烈。大棚换上新棚膜后，透光性好，到中午时棚内温度很高。用穴盘育苗，为了减少水分蒸发，保持湿度，常会用地膜覆盖，导致白天穴盘内温度过高，影响出苗，如果忘记了撤膜，甚至可能将种子“蒸死”，也会降低出苗率。
因此，对于苦瓜、冬瓜等出苗难、苗龄期长的蔬菜，不适合使用穴盘育苗，还是传统的营养钵育苗比较好。