针对南农6号结铃性强、上桃快的特点，现蕾以前以促为主，培育壮苗，力争早发，搭好丰产架子。开花结铃期，做好肥水供应工作，重施花铃肥，以满足开花结铃的养分需要。生长后期，以攻大桃、抓秋桃，防早衰为主要目标。栽培要点是：
1、适时播种。力争在4月上中旬抢在冷尾暖头播种，包衣棉种1钵1粒，采用营养钵架拱育苗，保证营养钵温度和苗床温度。齐苗后及时揭膜晒床，阴雨天坚持盖膜，防止雨水淋湿床面，防治立枯病、炭疽病等苗期病害，保证一播全苗，培育壮苗。
2、及时移栽。南农6号的适宜密度为每亩1600株左右。地力好，肥力水平高的田块可栽1400-1600株；管理粗放，肥力水平低的可栽1600-1800株。
3、科学施肥。肥料的施用要掌握四条原则：早施、重施，增施磷钾肥；速效肥与长效肥结合；氮肥、磷肥、钾肥结合；看天看地看苗施肥。增施有机肥。每亩施农家肥3000kg、尿素10kg、磷肥40kg、钾肥15kg、硼1kg作底肥。
南农6号由于结铃性强，早发，生长稳健，因此前期的施肥量与其它杂交棉相比可适当增加。一般苗、蕾期每亩施尿素15kg，磷肥20kg(6月5日、6月20日两次等量施用)，这是促壮苗早发，搭好丰产架子，从而争大铃、伏前桃，夺取棉花高产的基本保障。
花铃肥一是要适时早施，抢在棉花开始进入开花结铃期，底部结住1、2个中等大小的桃子（大约7月10日左右），深沟埋施；二是量要施足，每亩棉田施用尿素20kg，钾肥15kg，以满足棉花大量花、铃对养分的需要，减少脱落；三是要以水调肥，干旱严重的情况下，等雨后埋施花铃肥，或抗旱后埋施。
盖顶肥提倡两次施用，第1次在8月初抓住雨后或抗旱后土壤湿度较大的时机，每亩撒施尿素10kg左右；第2次是在8月15日前后，每亩再撒施尿素5kg。
8月中下旬喷施叶面肥。每亩每次用1％的尿素溶液100kg，每隔1周喷施1次，连喷2-3次。对地力较差的田块，还要叶面喷施磷肥。对明显缺锌、硼等微量元素的田块，还要叶面喷施硫酸锌及硼酸溶液，连续1-3次。
4、适当化控。南农6号营养生长、生殖生长两旺，因此要从轻使用，多次少量使用缩节胺。一般施用3-4次为宜。第1次棉花现蕾后，有3-4台果枝时（6月10日左右），每亩喷施0.5g左右；第2次是棉花开始进入花铃期，增施花铃肥后(7月10月左右)，每亩喷施1g左右。如棉花长势较旺，又遇日照不足，可增施1次，每亩喷施1g左右；最后1次是在棉花打顶7-10天(不能提前施用，以防上部果枝伸展不开)，每亩施用缩节胺2-3g封顶。
5、适时打顶。打顶过早、过迟均不利于棉花高产。要结合棉花长势，棉田肥力及种植密度等因素决定打顶时间。做到"时到不等枝，枝到看长势"。长江中下游地区一般在7月下旬打顶（按当地常年初霜期向前推85天作为该地区的打顶适期）。打顶方法：摘去棉株的顶芽连带1片刚展开的小叶，即"1叶1心"。
6、防病治虫。以防治蚜虫、红蜘蛛为重点。本产品对斜纹夜蛾有一定抗性。在棉铃虫大发生时，第3、4、5代棉铃虫也要根据虫情（当棉铃虫2龄以上幼虫大于20头/百株时，适当施药防治。