苦瓜有不同的病害发生，就要选用不同的农药来防治，在苦瓜瓜条上发生褐色病斑，主要由蔓枯病、炭疽病和细菌性角斑病这3种病害引起。
蔓枯病发生时，瓜条上先出现水渍状小圆点，后逐渐变为黄褐色凹陷斑，病部生小黑粒点，后期病瓜组织易变糟破碎。防治苦瓜蔓枯病可以用40%咪鲜胺水乳剂（1000倍液）混加50%福美双可湿性粉剂（750倍液）喷雾。
炭疽病发病初期，瓜条上的病斑呈黄褐色至黑褐色，圆形水渍状，后期变为棕黄色凹陷斑，湿度大时病部呈湿腐状，干燥条件下病部呈干腐状、凹陷，颜色变浅，边缘较深，四周有水渍状黄褐色晕环。后期病瓜组织变黑，但不变糟且不易破裂。苦瓜发生炭疽病，可用25%溴菌腈可湿性粉剂500倍液喷雾防治。
细菌性角斑病发生时，瓜条上的病斑初呈水渍状绿色小圆点，后变为褐色，小病斑融合成大病斑，果实湿腐。可用碱式硫酸铜、春雷霉素等药预防。
以上几种病害发生严重的棚室，主要是湿度较大造成的。苦瓜茎蔓较多，造成了郁蔽的环境，通风排湿较困难，因此要及时盘蔓整枝，使植株内部通风透光。浇水以浇小水为主，降低棚内湿度。