番石榴枝叶茂密，成龄树高2~10米。主干不直立，老枝圆柱形，呈淡绿褐色或灰色。树皮薄，初时树皮呈鳞片状剥落，后脱落呈光滑状。枝梢分枝低，嫩梢四棱形被毛，老枝变圆。
番石榴枝梢生长旺盛，芽具早熟性，成枝力强，顶端优势明显，一年中可多次长出枝梢。在广西南部，番石榴幼龄树每年可抽梢3~4次，多者可到5~6次。第一次抽梢在2月上旬，第二次、第三次新梢陆续在4~7月份抽发，其中6月上旬抽出的新梢最长，主要分布在树冠外围。结果树每年抽发两次以上结果枝，尤以2年生枝基部所抽发的结果枝粗壮，结的果也大。正常年份，春梢在4月下旬萌发，秋梢则在正造果收获后的8~9月份萌发。
番石榴的成枝力强。在肥水充足的条件下，自然生长可达1米以上。为减少枝梢生长对养分的消耗，使养分集中供给果实生长，不管是结果的枝条还是没有结果的枝条，生长到约30厘米长时都要摘心。其目的是使结果的枝条能促进果实生长，没有结果的枝条能为下一次萌发、开花结果打好基础。番石榴没有单纯依靠秋梢做结果母枝的明显特点。不管什么时侯长出的梢，只要充分成熟，那么以后在这些枝梢上长出的新梢就大部分都能开花结果。所以，培养粗短的营养枝，是番石榴开花结果的基础。