随着保护地蔬菜生产的不断发展，保护地番茄的生理性病害发生日趋加重，被害率一般为15％～30％，重者高达50％～60％，给生产造成很大的损失。经试验研究，这类病害主要是因栽培管理措施不当所致的非传染性病害。目前生产上较常见的有幼苗徒长、畸形果、空洞果、筋腐病、脐腐病、裂果、日烧病、果实着色不良、冻害果、卷叶、落花落果、花前枝、无生长点等。
这种现象属于徒长苗，是由于夜温过高、光照不足、土壤水分过多等原因造成的，特别是秋季种植，在夏秋季节育苗，夜间温度过高，有可能出现秧苗节间伸长，发生徒长现象，造成苗高达30—40厘米，定植时不易搬运并易倒伏、折断。更重要的是影响花芽分化，很难达到果大、穗多、产量高的目的。在早春育苗，有些品种强调在花芽分化与发育期间温度不要太低。早春育苗预防徒长的办法是:适当控制水分，或通过挖断根来达到控水目的。地床分苗应早挖坨，定期倒坨，逐渐挪稀；容器分苗应通过调整大小苗位置、挪稀等，调整时必然断根，使根系限在土坨或容器内，以达到控制苗的徒长。通过栽培措施来调节温度、水分、肥料等，尤其是夜间温度不要过高，一般在15℃左右比较适宜，以达到控制幼苗生长或植株健壮的目的。还应根据不同栽培季节选择相应的行之有效的调控措施，如在低温季节除温度外还可通过水分来控制生长；而在高温季节，温度偏高，常常通过浇夜水来降温。高温季节当无法用温度和水分控制时，则可通过肥料来控制生长，即适当增加肥料用量，提高土壤溶液浓度，同样可以达到控制植株生长速度、防止徒长的目的。在上述手段都不能奏效的情况下，还可采取化学手段，如用矮壮素处理等办法，也可实现防止徒长的目的。但要严格控制浓度和用量，特别要提出的是，如果是有机食品或绿色食品，就不要再使用化学手段来控制徒长。