辣椒秧苗根系比番茄、茄子发育弱，根数少，主根受伤后发生侧根能力也较差，主茎容易木质化，地上部生长较慢，花芽分化晚。
辣椒整个苗期可分为发芽期、基本营养生长期和迅速生长期。从辣椒种子萌动到真叶破心为发芽期，在25℃~30℃条件下播种3~4天种子开始发根，之后2~4天子叶出土，子叶出土后受光变绿，开始进行光合作用，在7~10天后真叶破心，之后进入基本营养生长期。两片真叶同时展开，正常情况下每5~6天展开一片真叶。
辣椒幼苗到4~5片真叶展开时开始花芽分化，从而进入迅速生长期，这个过程从播种时算起大约35~40天。辣椒苗在迅速生长期内，营养生长和生殖生长同时进行，不过生殖生长蛭石花芽分化和发育，生长量很小，直到现蕾时仍然以根、茎、叶片营养生长为主，而且生长速度逐渐加快。
辣椒的苗期相对较长，从播种到现蕾成苗至少需要70天，而且苗期要求温度较高，白天25℃~30℃，夜晚15℃~18℃最好，幼苗不耐低温，要注意防寒。