苦瓜死棵的原因一般由病害造成，如枯萎病、疫霉病、根腐病。苦瓜枯萎病。枯萎病在苦瓜整个生长期都能发生，而以结瓜期发病最重。幼苗发病，茎基部变褐色缢缩，叶片萎蔫下垂，严重时死亡。成株发病，病株生长缓慢，中午萎蔫，早晚恢复，持续几天后，全株萎蔫枯死。病株茎基部表皮粗糙且多纵裂，有些呈水渍状腐烂或呈褐色，切开根茎部可见维管束组织变黄褐色。
苦瓜疫霉病，受到该病侵害的植株，轻者早晚可恢复，发病严重时早晚不能恢复;发病早的植株有伸蔓慢的现象;根部腐烂、须根很少且易断根，主根、侧根及须根的表皮易剥离，木质部变为褐色，严重时根会在茎基部造成腐烂，形成水渍状或环绕茎基部的病斑，表皮组织疏松易剥离，木质部变色。
苦瓜根腐病也会造成苦瓜死棵，根腐病主要侵染根及茎基部。病部初呈水浸状，后变褐、软腐，但缢缩不显著。后期病部腐烂处维管束变褐色，不向上发展，有别于枯萎病。最后病部腐烂，仅留下丝状维管束，地上部茎、叶萎蔫，枯死。
除此之外，还要提醒农户要注意防治苦瓜根线虫病，因为苦瓜根线虫可以传播上述几种病害。苦瓜根线虫在侵害的时候，会用口针刺穿苦瓜的根部，尤其是根系的幼嫩部位(须根和侧根)，刺坏根部细胞壁，并分泌出唾液，唾液进入根部组织后会产生化学作用，刺激根部不正常生长。根部会生长出许多形状大小不一的瘤状物根结，初期呈白色，后期会变成黑褐色，这些根结会使根系无法吸水吸肥，进而使得苦瓜出现死棵的现象。
另外，苦瓜根线虫在侵害时口针对根系形成的穿刺作用，会造成机械损伤。因此在根系上会形成密密麻麻的伤口，伤口为土壤中的病菌(如枯萎病、疫霉病、根腐病)的入侵提供了途径，与根线虫共同危害，加剧死棵。