棉花苗期是指自子叶展开至棉花现蕾的这段时间。此期管理对产量的形成至关重要，具体措施要因地制宜抓好以下五点：
一、力争全苗
“风调雨顺不收无苗之地”，棉农要在棉苗出土后及时查苗补苗。当苗间距在50厘米以下时，可以就近留双株或者留疯杈弥补苗空当。缺苗断垄长度50厘米以上时可采用移苗器带台移栽。出苗后及时放风，防止棉苗因膜下温度过高被烫伤。1～2片真叶间苗，3～4片真叶定苗。为保全苗，间苗应分两次进行。第一次把苗间开，以棉苗之间不搭叶为宜，第二次留所定株距的一半为宜。定苗要保证足够的密度。间定苗应留壮苗，去弱苗、病苗和杂苗。
二、早防苗病
苗病以防为主，用药可选既有增营养又有抑菌防病效果的棉乐康、坤源588等。如已有苗病发生，应同时加入噁霉灵或者乙蒜素等控制其发展。
三、科学中耕
土壤板结或者雨后中耕，可破除板结，提高地温、促苗早发。
四、综合治虫
苗期虫害主要有地老虎、红蜘蛛、蚜虫。地老虎可用辛硫磷拌麸皮或者切碎的菜叶，于傍晚撒于田间；红蜘蛛一般点片发生，尤其在靠近麦田、沟边、路边等地，应密切注意。如有发生，及早挑治；发生较重的，要全田防治。用药可选用阿维菌素+哒螨灵；在蚜虫防治上，不是见蚜虫就防治，而是当卷叶株率达到10%以上时才需喷药防治，喷药时间以中午前后温度较高时用药效果好。
五、补施底肥
磷、钾、有机肥等底肥未能在播种前全部施入的，要在苗期及早补施。有条件的可对长势弱小的棉苗偏追、巧追氮肥，亩用尿素一般不超过5公斤。